Shanadeen Begay，波士顿大学化学系
博德澳门威尼斯人注册网站研究所的金宰吉博士
Tom Keyes教授，波士顿大学化学系
Yann Tambouret，科学计算与可视化，波士顿大学
介绍
这项工作的目标是创建一个健壮的算法来采样蛋氨酸-脑啡碱相互作用的能量景观。这涉及到结合两种方法：副本交换（RE），一种方法要求覆盖相邻能量范围的副本在边界处具有大量重叠的能量概率分布；统计温度分子动力学（STMD）是一种动态调节分子动力学力以实现均匀采样分布的方法。RESTMD算法将通过对Robert best博士（剑桥大学）副本交换模块的最佳实践修改，实现到哈佛大学大分子力学化学系（CHARMM）的源代码中。即使掌握了RESTMD的基本思想，深入澳门威尼斯人注册网站研究文档最少的、复杂的、遗留的、多作者的CHARMM代码并进行组合也需要具有计算化学和计算机科学背景。该工具将用于模拟较大的粗粒度系统，例如Chk2-PP2A系统的小柔性120残余部分。有了这个，我们可以可视化DNA损伤诱导的磷酸化事件如何调节相互作用。我们最初的测试平台是IBM -aix （BU现已退役的IBM pSeries集群）；但是，我们已经在Katana集群上编译、构建和运行RESTMD-CHARMM作为32位和64位代码，Katana集群是一台运行BU-Linux操作系统的IBM刀片服务器机器。
RCS贡献
经过几次会议，化学澳门威尼斯人注册网站研究生Shanadeen Begay和RCS澳门威尼斯人注册Yann Tambouret会面，诊断了武士刀上CHARMM编译过程中的几个问题。Yann澳门威尼斯人注册网站研究了一种将二进制输入文件从Twister的AIX操作系统（OS）移植到Katana的Linux操作系统的解决方案，使用的工具考虑了系统之间的端位数差异。由于Katana系统同时具有GNU和Portland组编译器以及两个版本的MPI (OpenMPI和MPICH)，用户必须声明特定的环境变量来定义他们希望使用的编译器/库组合。Yann确定了编译Shanadeen自定义版本CHARMM所需的正确环境变量和编译器标志。
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