沈兆龙博士和Sean B. Andersson博士(PI),机械工程,波士顿大学

介绍

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这个项目的目的是澳门威尼斯人注册网站研究一个点源位置估计器的性能。通过利用SCV的武士刀簇的并行处理,澳门威尼斯人注册网站研究人员能够产生具有纳米精度的点源的荧光强度分布。然后通过应用生成的数据模拟估计器的估计偏差和方差,并与理论预测进行比较。

本澳门威尼斯人注册网站研究由美国国家科学基金会拨款DBI-0649823和CMMI-0845742资助。

RCS贡献

数值模拟最初是在Apple Mac上使用MATLAB进行的。一些计算需要30天才能完成,这是一个阻碍项目向前推进的障碍,因为运行时间很长。RCS的Kadin Tseng被请求帮助加快计算过程。虽然可以使用C或Fortran等编译语言与MPI相结合,但这种特殊情况有许多其他考虑因素,这决定了应该首先考虑MATLAB以提高性能。通过一些性能增强的MATLAB编程技术(例如数组预分配和复杂算术表达式的矢量化以消除嵌套循环)以及MATLAB的并行处理ODE函数的使用,运行时间减少到大约7小时。有了这个大大减少的运行时,可以进行更多的数值模拟,而不需要很长的等待时间。

更多的信息
  • 沈志和S.B. Andersson,“荧光显微镜中单粒子定位的fluoroBancroft算法的偏差和精度”,《信号处理学报》,第6期。59岁的没有。8, pp. 4041-4046, 2011。
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