SAIL工程师开发的软件可以帮助澳门威尼斯人注册网站研究人员了解癌症的潜在机制

作者：吉娜·曼蒂卡

人体中不同类型的细胞，如皮肤细胞和眼睛细胞，是通过“开启”或“关闭”不同的基因组合而形成的。借助单细胞rna测序（scRNA-seq）等最先进的技术，澳门威尼斯人注册网站研究人员现在可以澳门威尼斯人注册网站研究不同细胞类型中开启或关闭的基因多样性，从而更好地了解癌症等疾病的潜在机制。然而，到目前为止，还没有一种强大的工具可以验证通过scRNA-seq收集的数据的质量。

哈里里澳门威尼斯人注册网站研究所软件与应用创新实验室（SAIL）的工程师们帮助初级澳门威尼斯人注册网站Joshua Campbell和指导委员会成员Evan Johnson创建了单细胞工具包（SCTK），使澳门威尼斯人注册网站研究人员能够在一个地方对scRNA-seq数据运行多种质量控制算法。澳门威尼斯人注册网站研究结果最近发表在《自然通讯》杂志上。

“通过SAIL和生物信息学项目学生的共同努力，我们为人类肿瘤图谱网络创建了一个全面且易于使用的质量控制工作流程，这是一项使用单细胞技术表征癌细胞的倡议，”坎贝尔说，他是BU医学系计算生物医学助理教授。此工作流可以在Terra或Seven Bridges等云平台上运行。

在创建SCTK之前，澳门威尼斯人注册网站研究人员没有一个软件包可以运行一套全面的scRNA-seq质量控制工具。“为了在下游分析之前评估和排除低质量的细胞，你需要单独下载、安装和运行每个工具，”Campbell解释说，“这可能是乏味和耗时的。”他想要创建可以从多种格式导入scRNA-seq数据的代码，运行一堆质量控制工具，并在一个地方可视化结果。

该平台由SAIL启用，支持来自不同预处理工具的11种文件格式的数据。SAIL将测试版SCTK转变为面向更广泛用户的用户界面。这是一次真正的合作，SCTK工具的功能需要转换为图形用户界面（GUI），”SAIL项目与产品管理副总监Jeff Simeon说。SAIL根据坎贝尔团队的意见设计了这些界面。

SCTK进行全面的质量控制分析，并产生标准化报告和简单的可视化，以有效地评估scRNA-seq数据。该平台的简单性和健壮性允许计算生物医学澳门威尼斯人注册网站研究人员进行更大的再现性。

坎贝尔说，没有任何编程经验的人也可以在sctk.bu.edu网站上使用这个在线平台。SCTK使更多没有计算背景的澳门威尼斯人注册网站研究人员能够分析scRNA-seq数据，并澳门威尼斯人注册网站研究来自同一组织的不同类型细胞中开启或关闭的基因多样性。该工具是有效分析人体细胞多样性的重要一步，推动了癌症治疗的进展。

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