Dmytro Kozakov

小：蛋白质对接的流形优化算法

蛋白质是细胞的主要组成部分。许多蛋白质通过与其他蛋白质相互作用来发挥功能。在一个典型的细胞中，会发生成千上万种不同的蛋白质相互作用。描述这些相互作用有助于阐明生物体如何在分子水平上发挥作用，有助于开发治疗疾病的方法，如[…]

每个活细胞都充满了蛋白质，这些蛋白质不断地相互作用，以响应环境和其他信号，控制细胞的生长和最终命运。这种相互作用的分析对于理解在发育过程中和整个生物体生命过程中驱动细胞差异的信号转导途径至关重要。这些通路[…]

蛋白质之间的相互作用是几乎所有生物途径的组成部分。预测这些相互作用和蛋白质复合物的功能是理解生物途径如何发挥作用的关键。详细的多级对接算法，从两个蛋白质的未结合结构出发，可以确定蛋白质复合物的结构。对接服务器ClusPro努力使[…]

所有成功的最先进的蛋白质对接方法都采用了所谓的多阶段方法。在这种方法的第一阶段，使用粗略的能量势来记录数十亿个构象。在第二阶段，保留得分最高的数千个构象，并根据一定的相似性度量对其进行聚类。集群中心对应于[…]