已完成学士学位的准学生可申请入读博士课程。博士共修64学分，包括授课、实验、研讨课程和澳门威尼斯人注册网站研究学分。虽然有一套必修的核心课程，但确切的学习课程将与学生的学术顾问协商确定，并将反映学生的背景和兴趣。

为了被录取为博士候选人，学生必须证明对核心科目的掌握（核心课程不低于“B”），并在第二年结束时成功完成口头资格考试。

实验室轮岗要求

博士生第一年需要进行三次实验室轮转，每次轮转约9周。一次旋转必须是实验性的，一次是计算性的，第三次可以是任意一种。实验室轮岗必须在波士顿大学查尔斯河校区或医学院校区进行。只有在校内实验室进行的轮转才能满足轮转要求。

年度报告

所有学生都必须每年秋天提交一份年度报告。该报告包括已完成的课程列表、澳门威尼斯人注册网站研究项目和委员会更新、期刊出版物、会议演讲或海报、教学、生物信息学社区服务、财政支持、口试报告以及简短的项目评估。

教学要求

所有生物信息学专业的博士生都有一个学期的教学要求。

资格考试

口头资格考试的目的是让学生展示他或她在生物信息学方面的一般熟练程度，以及他或她打算进行澳门威尼斯人注册网站研究的领域的指挥。每个生物信息学专业的学生将在他们第二年的第一学期选择一个由4名澳门威尼斯人注册网站组成的资格委员会（QC）。资格委员会必须包括具有生物/实验专业知识的澳门威尼斯人注册网站，以及具有计算专业知识的成员。

博士论文

所有博士生都应捍卫其论文澳门威尼斯人注册网站研究的重要性、原创性和方法。这种辩护由两部分组成。第一种是面向大学社区的公开研讨会，以学生的作品为基础。第二种是论文的口头答辩，通常在公开研讨会之后，在学生论文委员会面前私下进行。委员会成员确保澳门威尼斯人注册网站研究是完整的，并被候选人理解。在这个时候，他们可以表达对数据或论文文件的准备的任何担忧。根据论文实验的设计，执行和辩护的程度，以及论文准备的程度，委员会将投票决定论文是否完整和令人满意。

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