生物信息学的应用

生物信息学领域涉及管理和分析大型生物数据集，以更好地了解复杂的生命系统和改善人类健康。关键的生物信息学任务包括分析基因组序列和结构、澳门威尼斯人注册网站研究进化关系、解释组学实验和分析基因网络。本课程向澳门威尼斯人注册网站研究生介绍生物信息学的基础问题，并提供用于解决这些挑战的数据库和计算工具的实践经验。

本课程强调计算机实验室的实践技能发展，使学生能够将生物信息学方法应用于他们的澳门威尼斯人注册网站研究。建议熟悉基本的分子生物学。虽然先前的编程知识是有益的，但不是必需的。目前招收生物信息学专业的硕士生。

翻译生物信息学的应用

生物信息学是一个跨学科的领域，致力于管理和分析大规模的生物数据，如整个人类基因组的DNA序列，并彻底改变了我们对分子生物学的理解。本课程将使学生接触到现代转化生物信息学澳门威尼斯人注册网站研究，特别关注下一代测序（NGS）技术。这些技术产生的数据分析既需要计算技能来开发和应用生物信息学算法，也需要生物学知识来将结果转化为临床相关的发现。讲座主题包括但不限于基因组编辑技术、基因集和基因集富集、全基因组测序和转录组学。本课程强调开发Nextflow管道的实践和动手经验，执行测序数据的端到端分析。课程中的所有工作都是基于项目的，并将涉及复制已发表的rna测序，chip测序和单细胞rna测序实验的关键发现。本课程还将介绍一套最佳实践和工具，用于开发可复制和可移植的计算工作流，包括版本控制和环境管理。4 cr。

Python编程、数据分析和机器学习基础

本课程适用于在生命科学方面受过训练的学生，对编程、统计和数据分析的接触最少。本课程的目标是培养处理数据集的实践技能和理论基础，并为生物医学澳门威尼斯人注册网站研究中出现的问题开发简单的计算解决方案。4 cr。

生物信息学中的分子生物学和生物化学

生命科学的现代澳门威尼斯人注册网站研究是一个日益跨学科的努力，在生物学、化学、物理学、数学和计算机科学的界面上发展了新的澳门威尼斯人注册网站研究领域。在许多情况下，这些新领域的发展与测量细胞内容的新实验方法的发展密切相关。本课程将介绍在生成与生物信息学分析相关的多种生物数据时所使用的实验方法。我们涵盖了广泛使用的收集基因组、宏基因组、转录组、蛋白质组和代谢组数据（以及其他）的技术的实验设计、方法限制和数据质量问题。这包括重申直接影响数据收集和分析的生物化学原理和生物分子的特性，熟悉跨生物信息学分支学科的主要文献的批判性阅读，并通过最终项目，对特定分析技术的实验数据生成进行深入澳门威尼斯人注册网站研究和科学交流。本课程在本科学习的基础上进行扩展，提供对中心法则及其机器的高级和深入的思考，包括表观遗传调控、基因表达模式的随机性、人类基因组学和基因组广泛关联澳门威尼斯人注册网站研究等主题。4 cr。

生物数据库系统

描述关系数据模型和数据库管理系统；教授构建关系数据库来存储各种生物数据的理论和技术，包括序列、结构、遗传联系和图谱以及信号通路。介绍关系数据库查询语言SQL和ORACLE数据库管理系统，重点是回答生物学上重要的问题。总结了现有的生物数据库。描述使数据库可访问的基于web的编程工具。解决数据集成和安全方面的问题。并对未来生物数据库的发展方向进行了展望。4 cr。

ENG BF 831：转化生物信息学研讨会

在简要介绍一般的介绍性材料（发表的评论和其他相关的背景信息）之后，学生将继续检查，讨论和评估最近直接说明生物信息学在临床前或临床澳门威尼斯人注册网站研究环境中的应用的论文。论文将取自高影响力期刊，如《自然》、《科学》、《美国国家科学院院刊》、《细胞》和《科学转化医学》。学生将轮流向全班展示论文，并对每篇论文进行批判性评论。他们还将以澳门威尼斯人注册网站研究计划的形式完成一篇学期论文，目的是利用生物信息学来推进医疗干预（如预后、诊断或治疗）。BUSM实验室的澳门威尼斯人注册网站研究人员将酌情安排简短的客座演讲。以前的客座讲师包括来自生物统计学系、计算生物医学系、数学与统计学系的澳门威尼斯人注册网站以及行业领袖。2 cr。

ENG BF 541：生物信息学实习

每个学生必须完成至少400小时的实习工作经验（例如，在夏季10周的全职工作）。形式非常灵活，可以接受与课程或工作同时进行的兼职实习。虽然大多数实习将在工业环境中进行，但合适的项目也可以在非营利或学术澳门威尼斯人注册网站研究实验室进行。在任何情况下，学生必须在开始实习之前向项目主任提交MS实习批准。为此，“生物信息学”意味着广泛使用计算工具来分析、显示和/或存档生物信息（通常在分子水平上）。项目主管必须熟悉所使用的工具，如果可能的话，该职位应该包括与“湿板凳”科学家的定期互动。2 cr。